İlk Yılları
Kariyerine amatör olarak Muğlaspor'da başladı.1999 yılında yine amatör olarak Gençlerbirliği’ne geçen Gökhan, 2000 yılında aynı kulüpte profesyonel oldu. Turkcell Süper Lig 'deki ilk golünü 15 yaşındayken 12 Mayıs 2000 tarihinde Kocaelispor 'a atmıştır. İlk zamanlar Gençlerbirliği 'nde fazla forma şansı bulamayan Gökhan 2001-2002 sezonunun ilk döneminde Gençlerbirliği Oftaş 'da, ikinci döneminde Ankaraspor oynamıştır.2002 de Kayserispor a transfer olmuş ancak 2002-2003 sezonunda Yimpaş Yozgatspor 'a kiralık olarak gönderilmiştir.
Kayserispor
Gökhan Ünal, Gençlerbirliği 'den ayrıldıktan sonra 19 Ağustos 2003 tarihinde Kayserispor ile anlaşmıştır. Turkcell Süper Lig 'de Kayserispor ile ilk golünü 21 Kasım 2004 tarihinde Denizlispor 'a atan Gökhan, yine aynı sezon (2004-05) oyuna sonradan girip, Galatasaray'a attığı 2 golle tanınmaya başladı. 005-06 sezonunu 25 gol atarak Turkcell Süper Lig'ni Gol Kralı olarak tamamladı.2006-2007 sezonuna İntertoto Kupası ile başlayan Gökhan Ünal bir sakatlık geçirerek 8 hafta sahalardan uzak kalmıştır.2006-2007 sezonunda 25 maçta 16 gol atmıştır.Kayserispo r ile son olarak 2007-2008 sezonunda Fortis Türkiye Kupası şampiyonluğunu yaşayan Gökhan sezonu 11 gol ile kapatmıştır.
Trabzonspor
3 Haziran 2008 'de ise Kayserispor ile yollarını ayırarak Trabzonspor'a transfer olmuştur. Trabzonspor'da 2008-2009 sezonunu 15 gol ile tamamlamıştır.
Fenerbahçe
2009-2010 yılı devre arasında 3 milyon 250 bin Euro artı Burak Yılmaz Karşılığında Fenerbahçe'ye transfer olmuştur. Fenerbahçe ile ilk resmi maçına Antalyaspor karşısında çıkmıştır
Milli Takım Kariyeri
Milli takımının formasını ilk kez 1 Mart 2006 tarihinde Çek Cumhuriyeti ile oynanan hazırlık maçında giyen Gökhan, ilk golünü ise, 28 Mayıs 2006 'da Estonya ile oynanan maçta atmıştır. Gökhan, 24 Mart 2007 tarihinde Pire 'de Yunanistan ile oynanan 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası Elemeleri maçında ikinci golü atarak Millî Takımın tarihindeki 550. golünü kaydetti.
